制药废水零排放是根据水资源供给情况作的理想状态下的方案，其前提条件就是运行产生的废水经处理后能全部被相关用水区域消化，无直接对厂区外排放的废水。那么，制药废水零排放实施过程中会有什么问题。
产生的废水难以完全被收集：
1、全厂废水系统分布范围广、涉及专业多，废水的收集就是一个大问题。特别是锅炉房零米、除灰除渣系统、输煤系统等区域面积大，用水的点多且量大。废水沟道分布是否合理，收集坑的数量是否满足废水排放量，是废水收集的关键。如果废水不能全部收集就必有部分废水从厂区雨排水井流出，造成对厂区及周边环境的污染。
2、对于南方电厂而言，地下水位高，地基软，沟道、水池容易因不均匀沉降发生开裂现象，导致废水外溢或内渗，污染地下水质。另外灰场在施工时未做好防渗处理也会导致废水渗漏污染。
废水能否全部被处理合格：
1、电厂排水要全部回用需进行脱盐处理，投资大，运行成本高，从经济角度考虑并不适宜，部分污染物含量少，水质较清的排水如循环冷却水排水，因排水量较大无法全部回用，环保要求也未将此部分排水定义为工业废水。此部分排水将通过全厂外排口排出。
2、废水处理设备的运行效果，出水水质是随运行时间增加而不断下降。设备的检修维护及运行管理不当也会造成出水水质下降，严重的话会导致出水水质达不到设计要求。
3、如在生产运行过程中出现，酸碱、油污等大量泄露的紧急事态，应对不当也会造成废水排放量或杂质含量超出废水处理设备设计处理能力，而导致废水未处理合格而回用或排放。
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